勤怠管理と給与計算を連携できるおすすめシステム10選！メリットや選び方も解説

February 24, 2026

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勤怠管理と給与計算を連携できるシステムを導入すると、打刻ミスや不正申告のリスクを抑え、集計作業を効率化できます。さらに、法改正や税率変更に対応しているシステムもあり、担当者の工数削減につながるでしょう。

本記事では、勤怠管理と給与計算を連携できるおすすめのシステムを10種類紹介します。後半では、自社に合ったシステムの選び方や、担当者が抱えがちな悩みを解説しています。

この記事を読めば、自社に最適な機能を持つシステムを見つけられるでしょう。ぜひ最後までお読みください。

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給与計算でよくある勤怠管理の課題・悩み

以下は、給与計算でよくある勤怠管理の課題や悩みです。

打刻ミスや不正申告のリスク
集計作業の煩雑さ
リアルタイムでの状況把握の難しさ
法改正への対応の遅れ
多様な働き方への対応の難しさ

ここでは、多くの企業が直面している勤怠管理の具体的な課題や悩みを解説します。これらの課題を認識し、自社の状況と照らし合わせてみましょう。

打刻ミスや不正申告のリスク

従業員がタイムカードや手動で打刻する際に、打刻ミスや不正申告が発生することがあります。これにより実際の労働時間が正確に反映されず、給与計算を誤る可能性も否めません。

弥生株式会社が実施した、中小企業に対する給与・勤怠・労務管理の実態調査によると、最も多い課題は「計算・入力ミスや漏れ」で、全体の26.1％を占めています。

出典：弥生、中小企業の給与・勤怠・労務管理の実態調査を実施 | 弥生株式会社のプレスリリース

集計作業の煩雑さ

紙のタイムカードやExcelで勤怠管理を行う場合、締め日の集計作業は煩雑です。全従業員分のタイムカードを手動で集計し、労働時間や残業時間を計算してExcelに入力する作業は、膨大な時間を要します。

打刻漏れや記載ミスが見つかれば、本人への確認と修正作業の依頼もしなければなりません。手作業による集計は時間がかかるだけでなく、ヒューマンエラーのリスクも高まります。

リアルタイムでの状況把握の難しさ

紙やExcelでの管理では、従業員の勤務状況をリアルタイムで把握するのは困難です。例えば、月の途中で「誰がどのくらい残業しているか」や「有給休暇の取得状況」をすぐに確認できないことも珍しくありません。

月末に集計作業をして初めて、残業時間の超過などの問題に気付くことが多いため、早期対応が遅れる恐れがあります。

法改正への対応の遅れ

労働法の改正に迅速に対応できず、新しい規制に基づく勤怠管理の方法を適用するのが遅れる場合があります。時間外労働の上限規制や有給休暇の取得義務化など、企業は法改正に迅速な対応をしなくてはなりません。

手作業での勤怠管理では、法改正の内容を正確に理解し、計算方法や管理ルールに反映させる作業が必要です。対応が遅れたり誤ったりすると、法令違反となる恐れがあります。

多様な働き方への対応の難しさ

近年のテレワークやフレックスタイム制度の導入により、勤怠管理が複雑化しています。従来の画一的な勤怠管理では、対応しきれない場合も少なくありません。

特に変形労働時間制や複雑なシフト勤務では、手作業による労働時間の集計や残業代の計算が困難です。Excelや無料アプリでは、複雑な就業規則に完全に対応しきれないケースも多く見られます。

勤怠管理と給与計算を効率化する方法

煩雑な勤怠管理と給与計算の業務は、以下3つの方法を取り入れると正確性を高め、担当者の負担を軽減できます。

システム導入・連携による自動化
運用方法の見直し・改善
外部リソースの活用

ここでは、業務を効率化するための具体的な3つの方法を紹介します。

システム導入・連携による自動化

勤怠管理システムを導入すれば、労働時間が自動で集計されます。タイムカードやExcelによる手作業の管理がなくなり、ICカードやスマホからの打刻が可能になります。

勤怠データを給与計算システムと連携することで、給与計算までのプロセスを自動化することが可能です。手作業の転記作業が不要になり、根本からミスを減らせるでしょう。

すでに給与計算ソフトを利用している場合は、連携可能な勤怠管理システムを選ぶのが効率的です。

運用方法の見直し・改善

システムの導入に加えて、現在の運用ルールを見直すのも有効です。例えば、打刻に関するルールを明確にし、従業員に周知徹底を行うだけでも、打刻漏れやミスを減らすことができます。

勤怠に関する申請や承認のフローをデジタル化し、ペーパーレスを進めるとより効率的です。紙媒体でのやり取りをなくして、データを一元管理する体制を整えると、確認作業の手間を削減できます。

アウトソーシングの活用

勤怠管理や給与計算の業務負担が大きい場合、外部にアウトソーシングする選択肢もあります。特に、複雑な手当の計算や頻繁な法改正への対応に不安がある場合に有効です。

社会保険労務士や税理士に各専門分野の業務を委託すれば、計算ミスや法令違反のリスク軽減を期待できます。その結果、社内の担当者は本来注力すべきコア業務に集中できるでしょう。

勤怠管理と給与計算を連携させるメリット

勤怠管理と給与計算を連携させるメリットは、以下の3つです。

転記作業や手入力によるミスを防ぎやすくなる
法改正や税率変更に対応しやすくなる
業務効率化によりコスト削減につながる

ここでは、それぞれのメリットを解説します。

転記作業や手入力によるミスを防ぎやすくなる

システムで連携することで、手作業によるミスを防止できます。タイムカードの数字をExcelに転記し、手動で給与計算ソフトへ入力すると、見間違いや入力ミスが発生する可能性があります。

一方で、勤怠管理システムで記録された労働時間データは、給与計算システムに自動反映されます。システム連携によって転記作業そのものが不要になり、ヒューマンエラーの発生を未然に防げるでしょう。

法改正や税率変更に対応しやすくなる

近年人気のクラウド型システムは、法改正や税率変更にあわせて自動でアップデートされるのが一般的です。

労働関連の法律や社会保険料率は、社会情勢や物価水準、働き方の多様化に合わせて頻繁に見直されます。

システム連携により最新の法令を遵守した計算を自動で実施します。そのため、担当者が自ら法改正の情報を収集し、手作業で計算式を修正する必要はありません。対応漏れや計算ミスを防ぎ、コンプライアンスを強化できます。

業務効率化によりコスト削減につながる

システムの連携により作業時間が短縮され、残業時間も減少します。

例えば、締め日前後に集中していた勤怠データの集計や残業時間の計算、給与システムへの入力などの一連の作業が自動化されます。これにより担当者の業務時間が減り、コスト削減にもつながるでしょう。

また、煩雑な手作業から解放され、より付加価値の高い業務に時間を使えるようになります。その結果、組織全体の生産性向上も期待できます。

勤怠管理と給与計算が連携できるシステムの種類

勤怠管理と給与計算を連携できるシステムは、一体型とシリーズ連携型の2種類に分類できます。

自社に最適なシステムを選ぶためには、それぞれの特徴とメリットを理解しておくことが重要です。ここでは、各タイプの特徴と違いを解説します。

1つのシステムで完結する「一体型」

一体型システムは、勤怠管理機能と給与計算機能が1つのパッケージとして提供されるタイプです。

このシステムでは、導入から運用までがシンプルで、システム間のデータ連携に悩む必要がありません。すべてのデータが1つのシステム内で管理されるため、情報の整合性が保ちやすい点もメリットです。

勤怠管理と給与計算の両方をシステム化したい企業や、ITに詳しい担当者がいない企業にとって、管理がしやすい選択肢となるでしょう。

異なるシステムをつなぐ「シリーズ連携型」

シリーズ連携型は、同じベンダーが提供する勤怠管理システムと給与計算システムをそれぞれ導入し、連携させて使用する形態です。例えば、マネーフォワードやジョブカンなどのサービスは、勤怠管理、給与計算、労務管理など、機能ごとに独立したシステムを提供しています。

このタイプのシステムでは、企業が自社に必要な機能だけを選んで組み合わせることができ、柔軟にシステムを構築することが可能です。すでに特定の給与計算ソフトを利用している企業でも、連携可能な勤怠管理システムを選べば、既存の運用を活かせます。

【一体型】給与計算ができるおすすめ勤怠管理システム2選

給与計算ができる一体型の勤怠管理システムのうち、ジンジャー勤怠とTeamSpirit 勤怠がおすすめです。それぞれのシステムの特徴を紹介します。

1. ジンジャー勤怠

（出典：ジンジャー勤怠）

ジンジャー勤怠は、jinjer株式会社が提供する勤怠管理システムです。利用者数に応じて料金が決まり、1人あたり月額330円（税込）から利用できます。

特徴は、さまざまな打刻方法や勤務形態に対応している点です。パソコンやスマホ、タブレット、ICカードなど、働き方に合わせて打刻できます。

職場はもちろん、リモートワークや外回りでも正確な打刻が可能です。多様な働き方を採用している企業に適しています。

機能	出退勤管理、自動集計、シフト管理、有休管理
料金体系	初期費用＋1人あたり月額330円（税込）
特徴	多様な打刻方法、勤務形態に対応している
おすすめの企業	リモートワークや外回りなど多様な働き方がある企業

ジンジャー勤怠のリアルな口コミ・評判を読む

2. TeamSpirit 勤怠

（出典：TeamSpirit 勤怠）

TeamSpirit 勤怠は、小規模から中堅企業向けの勤怠システムです。打刻や登録などの基本的な機能の他に、集計やレポート作成の機能が充実しています。

外部連携サービスが豊富で、打刻や登録の手間を省けます。例えばSlackと連携すると、Slackに特定のコマンドを入力すればTeamSpirit 勤怠に出退勤打刻ができるようになります。

すでに特定の外部サービスを導入している企業にとって非常に便利なシステムです。

機能	打刻・登録、申請・承認、集計・レポート、外部連携サービス
料金体系	初期費用＋月額26,400円（税込）〜
特徴	対応している外部連携サービスが豊富にそろっている
おすすめの企業	SlackやMicrosoft Teamsなど、特定のサービスと連携したい企業

【シリーズ連携型】勤怠管理と給与計算を連携できるおすすめシステム8選

勤怠管理と給与計算を連携できるシリーズ連携型のシステムのうち、おすすめは以下のとおりです。

マネーフォワードクラウド勤怠
ジョブカン勤怠管理
KING OF TIME
楽楽勤怠
AKASHI
freee勤怠管理Plus
Touch On Time
給与奉行クラウド

それぞれのシステムを紹介します。

1. マネーフォワードクラウド勤怠

（出典：マネーフォワードクラウド勤怠）

マネーフォワードクラウド勤怠は、小規模から大企業向けに提供されている勤怠システムです。プランは4種類あり、事業規模にあわせて選べます。

勤怠管理や休暇管理に加えて、異動予約の機能があります。異動予約は、役職や就業ルールの変更が予定されている従業員に対し、事前に異動内容を予約できる機能です。

指定した日付に役職や就業ルールを変更できるため、業務効率化や登録ミスを未然に防止できます。

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機能	勤怠管理、休暇管理、異動予約など
料金体系	（月払い）ひとり法人プラン：月額4,378円（税込）スモールビジネスプラン：月額6,578円（税込）ビジネスプラン：月額8,778円（税込）中堅〜大企業向け：別途見積もり
特徴	事前に異動内容を予約できる
おすすめの企業	マネーフォワードクラウドシリーズを利用している企業

マネーフォワードクラウド勤怠のリアルな口コミ・評判を読む

2. ジョブカン勤怠管理

（出典：ジョブカン勤怠管理）

ジョブカン勤怠管理は、小～中規模の企業向けの勤怠システムです。無料プランもあり、機能制限はあるものの、使用感を確かめてから契約できます。

機能は主に出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理の4種類で、自由に組み合わせてサービスを利用できます。必要な機能だけ取り入れたい企業におすすめのサービスです。

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機能	出勤管理、シフト管理、休暇・申請管理、工数管理
料金体系	無料プラン：0円有料プラン：月額220円（税込）～
特徴	4つの機能から自由に組み合わせて利用できる
おすすめの企業	必要な機能だけ取り入れたい企業

ジョブカン勤怠管理のリアルな口コミ・評判を読む

3. KING OF TIME

（出典：KING OF TIME）

KING OF TIMEは、株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供する勤怠システムです。初期費用0円で一律330円から利用できます。

海外対応や英語対応に関する機能が充実しています。英語やタイ語、ベトナム語、中国語に対応しており、アカウントごとの切り替えも可能です。

各事業所に応じてタイムゾーンも設定できるため、外資系企業や海外向けサポートが必要な企業に向いています。

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※富士キメラ総研「ソフトウェアビジネス新市場 2025年版」勤怠管理ソフトSaaS/PaaS市場利用ID数 2024年度実績ベンダーシェア

機能	残業時間の管理、スケジュール・シフト管理、海外対応・英語対応
料金体系	1人あたり月額330円（税込）
特徴	英語対応・海外対応により、複数の言語や時差対応ができる
おすすめの企業	外資系企業や海外向けサポートが必要な企業

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4. 楽楽勤怠

（出典：楽楽勤怠）

楽楽勤怠は、株式会社ラクスが提供する勤怠システムです。打刻管理、申請・承認などの基本的な機能に加え、プロジェクト管理に便利な工数管理機能も搭載しています。

サービスの特徴は、導入時に初期設定サポートを受けられる点です。電話やメール、Webミーティングを通じて、疑問や悩みを解決できます。

ツール導入前後のサポートをしてほしい企業におすすめです。

機能	打刻管理、申請・承認、残業管理、工数管理など
料金体系	月額33,000円（税込）～ ※初期費用・オプション費用は別途発生
特徴	初期導入時は専任サポートが対応してくれる
おすすめの企業	ツール導入前後の疑問もサポートしてほしい企業

楽楽勤怠のリアルな口コミ・評判を読む

5. AKASHI

（出典：AKASHI）

AKASHIは、少人数の企業から大企業まで幅広い規模で利用されている勤怠システムです。月額料金は3つのプランによって異なり、人数に応じて決まります。

AKASHIには、工数管理やシフト管理、36協定設定などの主な機能に加え、ポイント管理というユニークな機能があります。ポイント管理は、福利厚生のカフェテリアプランを通じて、従業員のポイント管理ができる機能です。福利厚生の業務効率化をしたい企業におすすめします。

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機能	工数管理、シフト管理、36協定設定、ポイント管理
料金体系	初期費用：0円月額料金：1人あたり月額220円（税込）～
特徴	カフェテリアプランで従業員ごとにポイント管理ができる
おすすめの企業	福利厚生の業務効率化も取り入れたい企業

AKASHIのリアルな口コミ・評判を読む

6. freee勤怠管理Plus

（出典：freee勤怠管理Plus）

freee勤怠管理Plusは、freee製品の一部で、人事労務関連のサービスとして提供されています。勤怠管理、シフト管理に加えて、働き方改革に対応する機能も備えています。

特徴としては、freee人事労務とのデータ連携が簡単にできる点です。API連携によりワンクリックで連携が可能なため、すでにfreee製品を導入している企業には非常に便利です。

機能	勤怠管理、シフト管理、働き方改革対応機能
料金体系	1人あたり月額330円（税込）
特徴	人事システム連携でfreee人事労務とのデータ連携ができる
おすすめの企業	freee製品を利用している企業

7. Touch On Time

（出典：特徴｜Touch On Time）

Touch On Timeは、勤怠管理に特化したサービスです。勤怠集計やスケジュール・シフト管理、外部サービス連携などの主な機能がそろっています。

主な特徴は、打刻専用タイムレコーダーがある点です。独自開発されたタイムレコーダーにより、パソコン不要で簡単に打刻できます。指紋認証も備えており、より厳密な打刻管理が可能です。不正打刻を防ぎたい企業に適したシステムです。

※富士キメラ総研「ソフトウェアビジネス新市場 2025年版」勤怠管理ソフトSaaS/PaaS市場利用ID数 2024年度実績ベンダーシェア

機能	勤怠集計、スケジュール・シフト管理、外部サービス連携
料金体系	1人あたり月額330円（税込）
特徴	打刻専用タイムレコーダーがある
おすすめの企業	指紋認証などを導入したい企業

8. 給与奉行クラウド

（出典：給与奉行クラウド）

給与奉行クラウドは、奉行製品の給与計算システムです。月額 5,500円から利用でき、企業規模に応じて料金が変動します。

特徴的なのは、99種類の項目を追加できる拡張機能です。この機能は、企業の変化に対応する柔軟性があり、必要に応じて給与支給や賞与支給項目を追加できるため、企業の多様なニーズに応えることができます。

システムにカスタマイズ性を求める企業に向いているサービスです。

※日経コンピュータ 2025年9月4日号顧客満足度調査 2025-2026 人事・HRテックソフト/サービス部門 1位

機能	給与処理、賞与処理、明細書配付・振込
料金体系	初期費用：55,000円（税込）月額費用：6,050円（税込）～
特徴	拡張機能で会社の変化に対応できる
おすすめの企業	自社で必要な明細項目に応じて項目を追加したい企業