変形労働時間制に対応した勤怠管理の方法｜法令遵守と効率化のコツ

March 4, 2026

URLをコピーしました！

変形労働時間制の勤怠管理は、残業時間の算出方法が複雑で、集計ミスや未払いリスクが発生しやすい制度です。さらに、法令の範囲内で最適なシフトを組む必要があり、担当者の負担も大きくなる傾向にあります。

こうした課題を解決する手段として有効なのが、変形労働時間制に対応した勤怠管理システムの導入です。

本記事では、変形労働時間制の基礎知識から、勤怠管理でよくある課題、システム導入のメリット、選び方のポイントまでを体系的に解説します。あわせて、おすすめの勤怠管理システムも紹介します。

本記事を読めば、自社の運用課題を整理しながら、法令遵守と業務効率化を両立できる最適なシステムを選べるようになります。ぜひ最後までご覧ください。

変形労働時間制におすすめの勤怠管理システム8選
勤怠管理システム	特徴	サポート体制
ジンジャー勤怠	労働時間超過時にアラートが出る	サポートプラン、初期設定サポート、ヘルプセンター
ジョブカン勤怠管理	打刻エラーを自動で表示する	メール・チャット・電話の無料サポート
マネーフォワード勤怠	フレックスタイム制の時間集計が一目で分かる	AIチャットボット、チャットによるリアルタイムサポート
AKASHI	月・年単位での変形労働時間設定が可能	メール、管理画面、電話
KING OF TIME	法律に沿った自動設定が可能	無料サポート、オンラインサポート（有料）、労務相談（有料）
楽楽勤怠	導入時にヒアリングしてもらえる	初期設定サポート
TeamSpirit 勤怠	専任コンサルタントによるサポートサービスあり	プレミアサポート
勤労の獅子	複数出勤・ヘルプ勤務にも対応	電話、メール、サポートサイト

無料で問い合わせる

変形労働時間制とは？

変形労働時間制とは、一定期間の平均労働時間が法定の範囲内に収まることを条件に、特定の日や週に法定労働時間を超えて働ける制度です。業務の繁閑に応じて労働時間を柔軟に配分できる点が特徴です。

通常の労働時間制度では1日8時間を超えると時間外労働となり、割増賃金の支払いが必要です。一方で、変形労働時間制では、あらかじめ定めた所定労働時間の範囲内であれば、1日8時間を超えても直ちに割増賃金は発生しません。

この制度を活用すれば、繁忙期は労働時間を長く、閑散期は短く設定できます。その結果、業務量に応じた人員配置が可能となり、全体の労働時間を効率的に管理できます。

変形労働時間制の種類

変形労働時間制の種類	対象期間	労働時間の上限
1年単位	1ヶ月超〜 1年以内	1日10時間／週52時間
1ヶ月単位	1ヶ月以内	週40時間（特例措置対象事業場は週44時間）
1週間単位	1週間	1日10時間／週40時間
フレックスタイム制	3ヶ月以内	清算期間内の総労働時間の範囲内

変形労働時間制には、対象期間や労働時間の上限によって複数の種類があります。制度ごとに適用条件や運用方法が異なるため、自社の業務特性に合った仕組みを選ぶことが重要です。

ここでは、代表的な4つの制度の特徴と違いを解説します。

1年単位の変形労働時間制

1年単位の変形労働時間制は、1年以内の期間を平均して、週の労働時間が40時間以下になるように調整する制度です。季節ごとの繁閑差が大きい業種でよく利用されます。

対象期間は1ヶ月を超え、1年以内の範囲で設定します。

労働時間の上限は1日10時間、週52時間で、連続して労働できる日数は原則として6日までです。対象期間が3ヶ月を超え、1年未満となる場合、年間の労働日数は原則280日が限度となります。

なお、導入にあたっては労使協定の締結と労働基準監督署への届出が求められます。

1ヶ月単位の変形労働時間制

1ヶ月単位の変形労働時間制は、1ヶ月以内の期間を平均し、週の所定労働時間が40時間を超えない範囲で労働時間を設定する制度です。特例措置対象事業場では、週44時間まで認められています。

労働時間が週平均40時間未満であれば、月内の業務変動に対応できます。運用にあたっては、労使協定の締結と労働基準監督署への届出が必要です。

1週間単位の非定型的変形労働時間制

1週間単位の非定型的変形労働時間制は、1週間単位で日ごとの労働時間を柔軟に変更できる制度です。

対象となるのは、常時使用する労働者数が30人未満の小売業、旅館、料理店、飲食店のみです。天候や予約状況によって客数が大きく変動し、事前のシフト固定が難しい事業に適しています。

1日10時間、週40時間を上限とし、超過した分は割増賃金の支払いが必要です。なお、導入には労使協定を締結し、労働基準監督署へ届け出る必要があります。

フレックスタイム制

フレックスタイム制は、3ヶ月以内の清算期間の総労働時間を定め、その範囲内で労働者が日々の始業・終業時刻を決定できる制度です。

運用では、必ず勤務するコアタイムと、いつでも出退勤可能なフレキシブルタイムを設定して運用します。コアタイムは必ず設けなければならないものではないため、スーパーフレックスも可能です。

清算期間内で総労働時間を満たせばよいため、日ごとの労働時間を柔軟に配分できます。その結果、従業員の主体的な働き方を促し、ワークライフバランスの向上につながります。

なかでも、通勤電車が混雑しやすい都心部の企業や、子育て中の社員が多い企業に適した制度です。

なお、就業規則への規定と労使協定の締結が必要であり、適切な勤怠管理を行わなければ長時間労働につながる恐れもあります。

変形労働時間制の勤怠管理でよくある課題

変形労働時間制は柔軟な働き方を実現できる一方で、運用面ではいくつかの課題が生じやすい制度です。特に、次の3点は現場で頻繁に問題となります。

ヒューマンエラーが発生しやすくなる
勤怠管理が複雑化する
日ごとの労働時間に合わせたシフト作成に苦戦する

ここでは、現場で起こりやすい課題をそれぞれ解説します。

1. ヒューマンエラーが発生しやすくなる

変形労働時間制では、日ごとや週ごとに所定労働時間が異なるため、計算が複雑になりヒューマンエラーが発生しやすくなります。

例えば、通常制度では1日8時間を超えると残業扱いになりますが、1年単位の変形労働時間制では10時間以内であれば直ちに残業とはなりません。この違いを正しく理解していなければ、残業時間を誤って計算してしまう可能性があります。

さらに、変形労働時間制で残業した場合、通常とは異なる方法で算出します。法改正や就業規則の変更があると、計算式を修正する必要があり、計算ミスや未払いリスクも高まるでしょう。

Excelなどでアナログ管理を行っている企業では、集計作業が属人化しやすく、確認漏れや入力ミスも発生しやすい点が課題です。

2. 勤怠管理が複雑化する

社内で複数の勤務形態が混在すると、勤怠管理は一気に複雑になります。

例えば、営業部はフレックスタイム制、事務職は固定時間制、製造部は1年単位の変形労働時間制といったように制度が分かれている場合、それぞれ異なるルールで労働時間を集計しなければなりません。

部署ごとやチームごとに変形労働時間制が適用できるため、管理パターンは増え続けます。その結果、確認作業だけで多くの時間を要し、人事企画や労務改善など本来注力すべき業務を圧迫する可能性があります

3. 日ごとの労働時間に合わせたシフト作成に苦戦する

変形労働時間制のメリットを最大限に活かすには、法令の範囲内で労働時間を設計する必要があります。そのため、シフト作成は想像以上に難易度が高くなります。

期間全体の総労働時間枠を超えないよう調整するだけでなく、連続勤務日数や週の上限時間も考慮しなければなりません。これらを手作業で管理すると、法令違反につながるリスクが高まります。

変形労働時間制で勤怠管理システムを導入するメリット

こうした課題を解決する有効な手段が、変形労働時間制に対応した勤怠管理システムの導入です。システム化により、次のようなメリットを得られます。

複雑な労働時間をリアルタイムで自動集計できる
従業員ごとに勤務形態を設定できる
複雑なシフト作成を効率化できる
アラートで違反リスクを防止できる
法令遵守の確保ができる

ここでは、それぞれのメリットを具体的に解説します。

1. 複雑な労働時間をリアルタイムで自動集計できる

勤怠管理システムを導入すれば、打刻データを元に複雑な残業計算を自動で処理できます。自動集計によって法定内残業と法定外残業を自動で区別し、設定どおりに計算されます。

締め日直前の集計業務が不要になる点もメリットです。担当者はシステムが算出した結果を確認するだけで済むため、給与計算の人的ミスや、意図しない未払い残業代などのトラブルも未然に防げます。

また、管理画面上で当月の労働時間をリアルタイムで把握できます。残業時間が上限に近づくとアラートが表示されるため、違反が起こる前に対応可能です。

2. 従業員ごとに勤務形態を設定できる

従業員ごとに勤務形態を個別に設定できるため、複数の働き方を一元管理できます。正社員はフレックスタイム制、パートはシフト制など、それぞれに応じた設定が可能です。

個人単位で変形期間カレンダーを設定できるシステムもあり、従業員一人ひとりの契約条件やライフスタイルに合わせた柔軟な運用が実現します。

3. 複雑なシフト作成を効率化できる

多くの勤怠管理システムには、変形労働時間制に対応したシフト作成機能が搭載されています。労働基準法の上限規制に抵触するシフトを組もうとすると警告が出るなどの機能により、法令要件を満たしつつ、効率的に作成できます。

システムによっては、従業員からの希望シフトをスマホで収集し、確定したシフトの自動通知も可能です。シフト調整作業にかかる時間が短縮され、管理者はより戦略的な人員配置に労力を割けるようになるでしょう。

4. アラートで違反リスクを防止できる

アラート機能があるシステムを導入すると、気付かないうちに法定労働時間を超過するリスクを防げます。システムが自動でチェックするため、管理者が常に監視する必要はありません。

例えば残業時間が上限に近づくとアラートが出て、従業員に自動的に通知が送信される機能があります。違反が発生してから対処するのではなく、発生しそうな段階で気付ける点がメリットです。

問題が起こる前に対処できるため、法令を遵守しながら従業員が安心して働ける環境を整えられます。

5. 法令遵守の確保ができる

クラウド型の勤怠管理システムであれば、法改正に応じて機能がアップデートされるケースが多く、常に最新の法令に沿った運用が可能です。

Excelによる管理では、自社で法改正情報を収集し、計算式を修正する必要があります。一方でシステムを導入すれば、アップデートを反映させるだけで最新ルールに対応できます。

また、労働基準監督署の調査や監査時にも、正確な勤怠記録を即座に提出できるため、説明責任を果たしやすくなります。

勤怠管理システムのメリットを自社にどう活かすかをより詳しく知りたい方は、Faber Companyまでお問い合わせください。

無料で問い合わせる

変形労働時間制に対応した勤怠管理システムの選び方

変形労働時間制に対応した勤怠管理システムは数多く存在しますが、機能や対応範囲は製品ごとに異なります。制度の特性に合わないシステムを選ぶと、かえって管理が煩雑になる可能性もあります。

そのため、次の3つの視点で比較することが重要です。

自社の変形労働に対応しているか
法律違反を防ぐためのアラート設定があるか
変形労働特有の集計データを既存の給与計算ソフトと連携できるか

ここでは、システム選定時に確認すべきポイントを具体的に解説します。

1. 自社の変形労働に対応しているか

まず確認すべきなのは、自社が採用している変形労働時間制の区分に対応しているかどうかです。これに加え、複数のシフトパターンを登録できる上限数も確認が必要です。

同じ変形労働時間制でも、1年単位・1ヶ月単位・1週間単位など制度によって必要な機能は異なります。自社の変形期間を正しく設定できるかを必ず確認しましょう。

あわせて、複数のシフトパターンや部署別カレンダーを登録できる上限数も重要なチェックポイントです。将来的に制度を拡張する可能性がある場合は、柔軟性の高いシステムを選ぶ必要があります。

無料トライアル期間を利用し、実際の勤務パターンを登録して操作性や計算精度を検証すると安心です。

2. 法律違反を防ぐためのアラート設定があるか

次に重要なのが、法令違反を未然に防ぐアラート機能の有無です。単に残業時間を通知するだけでは不十分で、変形労働時間制特有のルールに対応しているかを確認する必要があります。

具体的には、変形期間の総労働時間枠に対するアラートや、変形労働制に合わせて時間外労働の上限を設定できる機能が挙げられます。

日単位、週単位、変形期間単位など、多段階のアラート設定が可能であれば、労働基準法違反のリスクをより確実に抑えられるでしょう。

3. 変形労働特有の集計データを既存の給与計算ソフトと連携できるか

最後に確認したいのが、給与計算ソフトとの連携可否です。

変形労働時間制では、期間内の総労働時間を基準に法定内残業と法定外残業を区別する必要があり、集計ロジックは複雑になります。集計されたデータがそのまま給与ソフトに自動反映されるシステムが望ましいでしょう。

連携機能がない場合、勤怠データを手動で入力する必要があり、入力ミスや計算誤りが発生する可能性があります。

同一シリーズの勤怠・給与システムであれば連携はスムーズです。異なるメーカーを組み合わせる場合は、CSV出力やAPI連携に対応しているかを事前に確認しておきましょう。

自社に合った勤怠管理システムの選定でお悩みの場合は、Faber Companyまでお問い合わせください。

無料で問い合わせる

変形労働時間制におすすめの勤怠管理システム8選

システム	特徴	サポート体制
ジンジャー勤怠	労働時間超過時にアラートが出る	サポートプラン、初期設定サポート、ヘルプセンター
ジョブカン勤怠管理	打刻エラーを自動で表示する	メール・チャット・電話の無料サポート
マネーフォワード勤怠	フレックスタイム制の時間集計が一目で分かる	AIチャットボット、チャットによるリアルタイムサポート
AKASHI	月・年単位での変形労働時間設定が可能	メール、管理画面、電話
KING OF TIME	法律に沿った自動設定が可能	無料サポート、オンラインサポート（有料）、労務相談（有料）
楽楽勤怠	導入時にヒアリングしてもらえる	初期設定サポート
TeamSpirit 勤怠	専任コンサルタントによるサポートサービスあり	プレミアサポート
勤労の獅子	複数出勤・ヘルプ勤務にも対応	電話、メール、サポートサイト

変形労働時間制に対応しているおすすめの勤怠管理システムを8つ紹介します。各サービスの特徴やサポート体制、料金の目安を確認しながら、自社の運用に合うツールを比較検討してください。

1. ジンジャー勤怠

出典：クラウド型勤怠管理システム「ジンジャー勤怠」｜jinjer株式会社

ジンジャー勤怠は、jinjer株式会社が提供する勤怠システムです。変形労働時間制に対応しており、初期費用＋1人あたり月額330円（税込）から利用できます。

同サービスの特徴は、労働時間超過時にアラートが出る点です。変形労働時間制で課題となりやすい残業時間の超過を防止できるため、労使協定や法律に則った勤怠管理ができます。

ジンジャーにはヘルプセンターやチャットが利用できる無料のサポートプランがあります。有料プランでは、メールや電話によるサポートに加え、導入時の支援も受けられます。初期設定に不安がある場合でも、段階に応じたサポートを選択しやすい点が特徴です。

さらに、初期設定サポートや操作方法の問い合わせができるヘルプセンターも、無料で利用できます。はじめて勤怠管理システムを導入する企業は、ジンジャー勤怠を選ぶとよいでしょう。

ジンジャー勤務と各社の比較資料をまとめてダウンロード

機能（変形労働時間制の対応方法）	勤務形態の設定、変形労働時間制の集計
料金体系	初期費用＋1人あたり月額330円（税込）～
特徴	労働時間超過時にアラートが出る
サポート体制	サポートプラン、初期設定サポート、ヘルプセンター

ジンジャー経費のリアルな口コミ・評判を読む

2. ジョブカン勤怠管理

出典：No.1勤怠管理・シフト管理システム「ジョブカン」

ジョブカン勤怠管理は、株式会社DONUTSが運営するシステムです。出退勤管理の機能では、フレックスタイム制設定や変形労働制設定が可能です。

機能制限のある無料プランと、1人あたり月額220～550円（税込）で利用できる有料プランがあります。

同サービスの特徴は、打刻エラーが自動で表示される点です。打刻回数が合わない場合や、打刻時間がシフトから大きくずれている場合にエラーが表示され、管理画面でまとめて確認できます。

不明点や困りごとがある際は、メール、チャット、電話から無料サポートを受けられます。対応時間は平日9時～18時です。もしもの場合のサポート体制を重視するなら、ジョブカン勤怠管理の導入をおすすめします。

ジョブカン勤怠管理と各社の比較資料をまとめてダウンロード

機能（出退勤管理）	フレックスタイム制設定、変形労働制設定、エラー表示
料金体系	無料プラン：0円（機能制限あり）有料プラン：1人あたり月額220～550円（税込）
特徴	打刻エラーを自動で表示する
サポート体制	メール・チャット・電話の無料サポート

ジョブカン勤怠管理のリアルな口コミ・評判を読む

3. マネーフォワード勤怠

出典：無料で試せる勤怠管理システム – マネーフォワードクラウド勤怠

マネーフォワードクラウドは、株式会社マネーフォワードが運営するバックオフィスツールです。シリーズ展開されており、勤怠管理を選択して利用します。

50名以下の法人では、人数によってプランが異なります。51名以上の法人の場合、料金は問い合わせが必要です。

同サービスの管理画面では、フレックスタイム制の時間集計が一目で分かります。1ヶ月・2ヶ月・3ヶ月から清算期間が選択でき、総労働時間に対する労働不足時間の繰り越しにも対応しています。

マネーフォワード勤怠では、AIのチャットサポートが24時間いつでも利用可能です。解決できない場合は、チャットによるリアルタイムサポートで、オペレーターへ相談できます。

安定した24時間の勤務体制を構築するなら、マネーフォワードクラウドを選ぶとよいでしょう。

マネーフォワードクラウドと各社の比較資料をまとめてダウンロード

機能（変形労働時間制）	就業ルール設定、勤務パターン設定、自動集計
料金体系	【50名以下の法人】ひとり法人プラン：月額4,378円（税込）スモールビジネスプラン（3名以下）：月額6,578円（税込）ビジネスプラン（4名以上）：月額8,778円（税込） ※月払い ※利用人数に応じて従量課金が発生【51名以上の法人】要問い合わせ
特徴	フレックスタイム制の時間集計が一目で分かる
サポート体制	AIチャットボット、チャットによるリアルタイムサポート

マネーフォワードクラウド勤怠のリアルな口コミ・評判を読む

4. AKASHI

出典：クラウド勤怠管理システム「AKASHI」 | ソニービズネットワークス株式会社

AKASHIは、ソニービズネットワークス株式会社が提供する勤怠管理システムです。変形労働時間設定では、労使協定・就業規則などの規定作成、1年変形協定設定などの機能があります。

料金プランは3つあり、いずれも従業員の人数に応じて金額が決まる料金体系です。

同サービスでは、月単位や年単位での変形労働時間設定が可能です。シフトとの差異や休日日数の不足、週平均の上限を超過するとアラートが表示され、労務リスクを回避できます。

サポートはメール、管理画面、電話から問い合わせ可能です。操作や設定方法が分からない場合は、管理画面からの問い合わせで翌営業日までを目安にオペレーターが回答してくれます。

はじめて勤怠管理システムを操作する従業員が多い場合は、AKASHIが適しているでしょう。

AKASHIと各社の比較資料をまとめてダウンロード

機能（変形労働時間設定）	労使協定・就業規則などの規定作成、1年変形協定設定
料金体系	タイムレコーダー：1人あたり月額220円（税込）スタンダード：1人あたり月額330円（税込）プレミアム：1人あたり月額440円（税込）
特徴	月・年単位での変形労働時間設定が可能
サポート体制	メール、管理画面、電話

AKASHIのリアルな口コミ・評判を読む

5. KING OF TIME

出典：勤怠管理・人事給与システム市場シェアNo.1 KING OF TIME（キングオブタイム）

KING OF TIMEは、株式会社ヒューマンテクノロジーズが提供するサービスです。勤怠管理や給与計算など、バックオフィス業務に必要な機能がひとつのシステムに揃っています。

同サービスでは、フレックス制や変形労働制に対応しています。月単位・週単位の変形労働制も、法律に沿った自動設定が可能です。自社の労働ルールに合わせて、柔軟に設定できます。

チャットやメール、オンライン、電話などによるサポートは無料です。有料サポートでは、プランによってオンラインサポートや労務相談ができます。

勤怠管理システムにカスタマイズ性を求めるなら、KING OF TIMEを選択肢の一つとして検討すると良いでしょう。

KING OF TIMEと各社の比較資料をまとめてダウンロード

機能（フレックス・変形労働制）	フレックスタイム制、月単位・週単位の変形労働制、1年単位の変形労働制など
料金体系	1人あたり月額330円（税込）
特徴	法律に沿った自動設定が可能
サポート体制	無料サポート、オンラインサポート（有料）、労務相談（有料）

KING OF TIMEのリアルな口コミ・評判を読む

6. 楽楽勤怠

出典：クラウド型勤怠管理システム「楽楽勤怠」【公式】｜株式会社ラクス

楽楽勤怠は、株式会社ラクスが提供するクラウド型の勤怠管理システムです。月額費用33,000円（税込）から利用できます。

同サービスの特徴は、導入時にヒアリングを行う点です。現在の運用方法を確認し、実際の画面を見ながら運用方法を提案してくれます。

初期設定では、専任のサポート担当者が電話やメール、Web会議システムにてサポートを行います。コミュニケーションを取りながら始められるため、勤怠管理システムに不慣れな方でも安心です。

機能（勤務／雇用形態ごとの勤務時間集計）	勤怠ダッシュボード機能、勤務時間の自動集計など
料金体系	月額費用：33,000円（税込）～
特徴	導入時にヒアリングしてもらえる
サポート体制	初期設定サポート

楽楽勤怠のリアルな口コミ・評判を読む

7. TeamSpirit 勤怠

出典：勤怠管理システム | TeamSpirit（チームスピリット）

TeamSpiritは、株式会社チームスピリットが運営する勤怠管理システムです。フレックスタイム制や裁量労働制、変形労働制に対応しています。

月額費用は、基本サポート費用込みで26,400円（税込）です。具体的な金額を知りたい場合は、見積もり依頼で2営業日以内に連絡があります。

同サービスの魅力は、専任コンサルタントによるサポートサービスがある点です。導入支援では、設定作業やテスト稼働をサポートしてくれます。導入後も締め処理サポートや規則・法改正時サポートなどの運用支援があります。

機能（勤務体系）	固定労働制、フレックスタイム制、裁量労働制、変形労働制、管理監督者の制度
料金体系	月額26,400円（税込）～
特徴	専任コンサルタントによるサポートサービスあり
サポート体制	プレミアサポート

8. 勤労の獅子

出典：「サポート型」クラウド勤怠管理システム「勤労の獅子」｜エス・エー・エス株式会社」

勤労の獅子は、エス・エー・エス株式会社が提供する勤怠管理システムです。労働条件の違いを細かく設定でき、法定を基準とした残業時間をオンライン上で確認できます。

同サービスの特徴は、複雑な勤務体系にも対応している点です。1日に複数回の出退勤記録を行ったり、複数の拠点で勤務したりする場合も、打刻で自動管理できます。

導入から運用、専任の勤怠コンサルタントによるサポートを受けられます。電話やメール、サポートサイトからの問い合わせが可能です。

機能（さまざまな労働条件の設定）	労働条件の違いを細かく設定できる
料金体系	要問い合わせ
特徴	複数出勤・ヘルプ勤務にも対応
サポート体制	電話、メール、サポートサイト