自治体向けのおすすめ勤怠管理システム7選！機能やセキュリティを比較

April 27, 2026

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自治体の勤怠管理では、紙やExcelによる運用に限界を感じている担当者も多いのではないでしょうか。職員数が多く勤務形態も複雑な自治体では、業務の属人化や法令改正への対応遅れといった課題が発生しやすい状況です。

こうした課題を解決する手段として、勤怠管理システムの導入が進んでいます。しかし、自治体にはLGWAN環境や公務員特有の勤務ルールなど、民間企業とは異なる要件があるため、すべてのシステムが自治体の要件に対応しているわけではありません。

本記事では、自治体向けのおすすめ勤怠管理システムを比較し、それぞれの特徴を解説します。選び方のポイントも解説するので、自治体のDXを推進したい担当者は、ぜひ参考にしてください。

以下では、LGWAN対応や公務員特有の勤務ルールへの対応など、自治体での運用に適した主要サービスを厳選して紹介します。

【比較表あり】自治体向けのおすすめ勤怠管理システム7選
サービス名	利用できる機能	料金プラン
KING OF TIME	残業時間の管理／打刻機能／管理者権限機能／ワークフロー／補助項目	1人あたり330円／月 ※すべて税込価格 ※最低利用人数なし ※初期費用無料
ジョブカン勤怠管理	打刻／リアルタイム確認／シフト自動作成／就業規則アラート	・無料プラン：1ユーザーあたり0円／月（機能制限あり）・有料プラン：220〜550円／月（いずれかの機能を単独利用する場合は220円） ※すべて税込価格 ※初期費用無料 ※有料プランへの移行後は、月額最低利用料金2,200円が必要
One人事[Public勤怠管理]	36協定対応／年5日時季指定／自動年休付与／打刻機対応／シフト構成可能／勤怠データ自動集計	要問合せ ※初期費用無料 ※利用人数に応じて料金が変動
COMPANY on LGWAN	勤務管理／マイナンバー管理／年末調整／給与計算／任用管理／職員申請	要問合せ
セコムあんしん勤怠管理サービス KING OF TIME Edition	勤怠状況確認／残業管理／休暇管理／スケジュール管理／アラート／申請・承認	1IDあたり330円〜／月 ※すべて税込価格 ※初期費用無料
AMS	ICカード打刻／各種申請・決裁／自動集計／CSV出力／締め処理／休暇の付与	要問合せ ※アカウント数に応じた料金 ※初期設定サポートのオプション有り
TimePro-VG	打刻／ワークフロー／休暇管理／シフト管理／変形労働時間制対応／ダッシュボード／各種帳票	要問合せ ※予算・要件に応じて3つのプランから選択可能

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自治体の勤怠管理でよくある課題

まずは、自治体の勤怠管理でよくある課題を3つに整理して解説します。

紙やExcelによるアナログ管理に限界がある
法令対応の負担が大きい
多様な勤務形態への対応が難しい

自治体の勤怠管理には複数の構造的な課題があり、従来の運用では限界が見え始めています。

紙やExcelによるアナログ管理に限界がある

自治体では、紙やExcelを用いたアナログな勤怠管理が行われている現場も少なくありません。

紙の出勤簿やExcelの勤怠表は、手軽に始められる反面、手入力によるミスが発生しやすい点が課題です。データの一元管理も難しく、情報の更新や共有に手間がかかります。特に職員数が多い自治体では、運用規模が大きくなり、対応に限界が生じやすくなります。

テレワークをはじめ、自治体でも働き方改革が進んでいるものの、アナログ管理では職員が職場以外から勤怠を申請できません。自治体のDXを推進するためにも、アナログ管理からの脱却が求められます。

法令対応の負担が大きい

法令対応の負担が大きいことも、自治体の勤怠管理でよくある課題のひとつです。

例えば地方公務員の場合、地方公務員法や各自治体の条例・規則などが重層的に適用されます。担当者は複数の法令を意識して勤怠を管理する必要があります。

また、2020年度からは会計年度任用職員制度が本格的に施行され、会計年度任用職員には正規職員と異なるルールでの管理が求められるようになりました。

手作業の場合は、法令改正があるたびに勤怠管理のルールや集計方法を見直す必要があります。業務負担が増大するのはもちろん、対応漏れが法令違反のリスクにつながります。

多様な勤務形態への対応が難しい

自治体では、一般行政職に加えて現業職員や医療職など多様な勤務形態が混在しています。例えば消防職員や医療職員は24時間交替制で勤務しており、特有のルールで勤怠を管理する必要があります。

ここに定年前再任用短時間勤務職員や育児短時間勤務職員なども加わると、さらに勤怠管理は複雑化します。勤務形態が多様であるほど一元管理が難しくなり、ミスも生じやすくなるでしょう。

多様な勤務形態を正確かつ効率的に管理するためには、各勤務パターンを個別に設定できる勤怠管理システムの活用が不可欠です。

自治体の勤怠管理には専用システムが有効

自治体の勤怠管理でよくある課題を解決するには、専門のシステムを導入するのがおすすめです。システムを導入することで、これまで手作業で行っていた集計や法令チェックを自動化でき、業務効率の改善につながります。

自治体向けの勤怠管理システムなら、公務員特有の勤務ルールを設定できるのが一般的です。LGWAN（自治体の行政専用ネットワーク）環境での動作に対応したシステムも多く、セキュリティ基準を満たした環境で安全に運用できます。

また職員側にとっても、PCやICカードを使った打刻が可能になり、利便性が向上します。スマホから打刻できるシステムなら、テレワークや外勤など、多様な働き方にも対応しやすいでしょう。

自治体向け勤怠管理システムの選び方

自治体向け勤怠管理システムを選ぶときは、行政特有の要件に適合しているかを確認することが重要です。具体的には以下5つのポイントに着目しましょう。

自治体での導入実績があるか
公務員特有の勤務ルールに対応しているか
LGWAN環境で運用できるか
本人確認機能が充実しているか
直感的に操作できるUI設計か

それぞれ詳しく解説するので、システム選びで失敗しないためにも、参考にしてください。

1. 自治体での導入実績があるか

勤怠管理システムを選ぶときは、自治体での導入実績があるかどうかを必ず確認しましょう。

自治体の勤怠管理では、民間企業にはない複雑な要件が数多く存在します。導入実績が少ないシステムだと、現場の課題や制約に対応できない恐れがあるため注意しなければなりません。

導入自治体数はもちろん、都道府県・市町村など規模の近い自治体の事例をチェックするのがポイントです。ベンダーに導入実績を確認しておくと、安心して導入を進められるでしょう。

2. 公務員特有の勤務ルールに対応しているか

公務員の勤務条件は、民間企業の就業規則とは異なり、各自治体の条例や規則によって細かく規定されています。そのため、勤怠管理システムを選ぶときも、公務員特有の勤務ルールに対応できるかチェックしましょう。

有給管理に関しては、1日・半日の取得管理に加え、会計年度任用職員の任期更新時の残日数繰越ルールへの対応が求められます。加えて、宿日直や交替制勤務といった特殊な勤務形態を設定できるかも確認しておきましょう。

また、システム上で使用される用語やルールが実務と一致しているかどうかも重要なポイントです。例えば、民間企業の「残業」は公務員だと「時間外勤務」、民間での「欠勤」は公務員だと「病気休暇」として区別されます。

用語やルールにズレがあると、現場の混乱を招くので注意してください。

3. LGWAN環境で運用できるか

勤怠管理システムを選ぶときは、LGWAN環境での動作に対応しているかどうかを必ず確認しましょう。

自治体の庁内ネットワークは、行政専用の閉域ネットワーク「LGWAN（総合行政ネットワーク）」を基盤としています。一般的なインターネット経由のサービスは、そのままだと庁内端末から利用できないケースがほとんどです。

LGWAN-ASP対応製品なら、既存のLGWAN接続系端末とICカードリーダーを準備するだけで比較的スムーズに導入できます。専用回線の新規敷設が不要なので、システムに不慣れな担当者でも安心です。

4. 本人確認機能が充実しているか

不正打刻を防止するためには、本人確認機能の充実性も重要なポイントになります。

マイナンバーカードとの連携打刻をはじめ、顔認証・指紋認証・静脈認証などの生体認証があるか確認しましょう。外勤の職員が多い場合は、GPSで位置情報を同時に記録できるシステムを選ぶと運用しやすくなります。

不正打刻は、給与計算の正確性を損なうだけでなく、組織の労務コンプライアンスにも影響を与える恐れがあります。勤務実態を正確に把握するためにも、複数の打刻方法が搭載されたシステムを選ぶことが重要です。

5. 直感的に操作できるUI設計か

勤怠管理システムを選ぶときは、実際の操作画面のデモを確認し、直感的に操作しやすいUI設計かを見極めることが重要です。操作が複雑なシステムだと、打刻ミスや申請漏れが生じやすく、かえって業務負担が増える恐れがあります。

画面構成がシンプルなシステムなら、教育コストを抑えつつスムーズな定着が期待できます。導入時の操作説明会やマニュアルなど、ベンダーのサポート体制も合わせて確認しておきましょう。

【比較表あり】自治体向けのおすすめ勤怠管理システム7選

ここからは、自治体向けの勤怠管理システムを7選比較し、それぞれの特徴を解説します。機能やLGWAN環境への対応などを徹底比較したので、自庁の規模や運用環境に合ったシステム選びの参考にしてください。

サービス名	利用できる機能	料金プラン
KING OF TIME	残業時間の管理／打刻機能／管理者権限機能／ワークフロー／補助項目	1人あたり330円／月 ※すべて税込価格 ※最低利用人数なし ※初期費用無料
ジョブカン勤怠管理	打刻／リアルタイム確認／シフト自動作成／就業規則アラート	・無料プラン：1ユーザーあたり0円／月・有料プラン：220〜550円／月（いずれかの機能を単独利用する場合は220円） ※すべて税込価格 ※初期費用無料 ※月額最低利用料金は2,200円
One人事[Public勤怠管理]	36協定対応／年5日時季指定／自動年休付与／打刻機対応／シフト構成可能／勤怠データ自動集計	要問合せ ※初期費用無料 ※利用人数に応じて料金が変動
COMPANY on LGWAN	勤務管理／マイナンバー管理／年末調整／給与計算／任用管理／職員申請	要問合せ
セコムあんしん勤怠管理サービス KING OF TIME Edition	勤怠状況確認／残業管理／休暇管理／スケジュール管理／アラート／申請・承認	1IDあたり330円〜／月 ※すべて税込価格 ※初期費用無料
AMS	ICカード打刻／各種申請・決裁／自動集計／CSV出力／締め処理／休暇の付与	要問合せ ※アカウント数に応じた料金 ※初期設定サポートのオプション有り
TimePro-VG	打刻／ワークフロー／休暇管理／シフト管理／変形労働時間制対応／ダッシュボード／各種帳票	要問合せ ※予算・要件に応じて3つのプランから選択可能

KING OF TIME

出典：勤怠管理・人事給与システム市場シェアNo.1 KING OF TIME（キングオブタイム）｜株式会社ヒューマンテクノロジーズ

KING OF TIMEは、フレックスタイム制やシフト管理など多様な勤務形態に対応できる勤怠管理システムです。リアルタイムでの勤怠集計をはじめ、残業時間や有給休暇の管理、ワークフロー機能などを備えており、自治体のDX化を支援します。

打刻は、ICカード・顔認証・GPS・指紋認証など幅広い手段があります。職種や勤務場所によって自由に組み合わせられるのが特徴です。

またKING OF TIMEは、働き方改革関連法に対応しているので、法令で定められた超過勤務の管理にも活用できます。年3回のアップデートによって、法改正にも自動で対応するため、担当者の負担を軽減できます。

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特徴	・勤怠の自動集計をはじめ、DX化に役立つ機能が充実・幅広い打刻方法を組み合わせ可能・法令改正に自動で対応
おすすめの自治体	・庁内のDX化を推進したい自治体・労務コンプライアンスを強化したい自治体
料金体系	1人あたり330円／月 ※すべて税込価格 ※最低利用人数なし ※初期費用無料

※導入企業数67,000社（2026年1月1日時点）
※富士キメラ総研「ソフトウェアビジネス新市場 2025年版」勤怠管理ソフトSaaS/PaaS市場利用ID数 2024年度実績ベンダーシェア

KING OF TIMEのリアルな口コミ・評判を読む

ジョブカン勤怠管理

出典：No.1勤怠管理・シフト管理システム「ジョブカン」｜株式会社DONUTS

ジョブカン勤怠管理は、シンプルな操作性が魅力の勤怠管理システムです。画面構成が分かりやすく、システムに不慣れな職員でもスムーズに利用を開始できます。

出退勤管理や休暇・申請管理をはじめ、多様な機能を搭載しており、必要な機能のみを選択して利用できるのが特徴です。打刻では、ICカード・GPS・生体認証など複数の方法に対応し、不正打刻の防止にも役立ちます。

申請・承認ワークフローもシステム上で完結するため、紙やメールでのやり取りを削減でき、管理業務の効率化につながります。自治体での導入実績があることも安心材料のひとつです。

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特徴	・シンプルな画面構成で使いやすい・GPSや生体認証で不正打刻を防止・自治体での導入実績有り
おすすめの自治体	・必要な機能だけを安く利用したい自治体・紙によるアナログ管理から脱却したい自治体・スムーズに運用を開始したい自治体
料金体系	・無料プラン：1ユーザーあたり0円／月・有料プラン：220〜550円／月（いずれかの機能を単独利用する場合は220円） ※すべて税込価格 ※初期費用無料 ※月額最低利用料金は2,200円

※シリーズ累計導入実績30万社（2026年1月時点）
※ITトレンド年間ランキング2025「勤怠管理・就業管理システム」カテゴリーで1位を獲得（2025年1月1日〜11月30日までの資料請求数を元に集計）

ジョブカン勤怠管理のリアルな口コミ・評判を読む

One人事[Public勤怠管理]

出典：One人事[Public勤怠管理]｜公的機関向けの勤怠管理システム

One人事[Public勤怠管理]は、自治体・公共機関向けに設計された勤怠管理システムです。人事院規則や公務員法に対応しており、公務員特有の休暇制度や勤務ルールに準拠した勤怠管理を実現できます。

また、同シリーズの人事給与・人材マネジメントシステムとの連携も可能で、バックオフィス業務をまとめて効率化できるのが特徴です。

36協定対応をはじめ、自動年休付与や勤怠データ自動集計などの機能も充実しています。必要な機能を自由に組み合わせて利用できるので、カスタマイズ性を重視する自治体に向いています。

特徴	・人事院規則や公務員法に適応可能・必要な機能だけを利用できる柔軟性・自治体を含む豊富な導入実績
おすすめの自治体	・自治体特有の勤務ルールに対応しつつDX化を推進したい自治体・バックオフィス業務をまとめて一元管理したい自治体
料金体系	要問合せ ※初期費用無料 ※利用人数に応じて料金が変動

※有償利用ユーザー数60万人以上の実績

COMPANY on LGWAN

出典：総合行政ネットワーク LGWAN-ASP対応人事給与/庶務事務システム｜COMPANY on LGWAN

COMPANY on LGWANは、勤怠管理からマイナンバー管理、年末調整、給与計算まで職員管理に必要な機能をワンストップで提供するクラウドサービスです。正職員・会計年度任用職員を問わず一元管理でき、勤怠・人事給与業務のデジタル化を総合的に支援します。

利用人数に応じた課金制を採用しており、機器の保守費用や法改正による改修費用は基本的に不要です。導入時は専門チームが初期設定からサポートするため、職員情報や所属などを登録するだけで利用を開始できます。

LGWAN-ASPなので、自治体のネットワークセキュリティ要件を満たしたうえで、安定して運用できるのも魅力のひとつです。

特徴	・LGWAN-ASPで機密情報も適切に管理・職員管理に必要な機能をワンストップで提供・導入前後のサポートが充実
おすすめの自治体	・LGWAN環境対応のシステムを導入したい自治体・少人数で利用したい自治体・会計年度任用職員の勤怠を管理したい自治体
料金体系	要問合せ

セコムあんしん勤怠管理サービス KING OF TIME Edition

出典：セコムあんしん勤怠管理サービス KING OF TIME Edition｜セコムトラストシステムズ株式会社

セコムあんしん勤怠管理サービス KING OF TIME Editionは、高いセキュリティ水準を求める自治体に適したシステムです。セコムが提供するセキュアなネットワーク環境上で勤怠管理を実現でき、不正打刻を防ぐ本人認証機能や管理者権限機能なども搭載しています。

勤怠管理はもちろん、スケジュールの調整から残業・休暇の管理までひとつのシステムで対応可能です。給与計算や人事労務など他システムとの連携性も高く、二重入力の手間を省きながらデータの整合性を保てます。

シンプルで使いやすい操作画面を採用しているので、初めてシステムを導入する自治体にもおすすめです。

特徴	・セコム提供による高いセキュリティ性・他システムとの連携が可能・シンプルで使いやすい操作画面
おすすめの自治体	・安心のセキュリティ環境で運用したい自治体・システムの拡張性を重視する自治体・初めてシステムを導入する自治体
料金体系	1IDあたり330円〜／月 ※すべて税込価格 ※初期費用無料

AMS

出典：AMSで出退勤管理をクラウドで｜シフトプラス株式会社

AMSは、行政・公務員の勤怠管理に特化したシステムです。LGWANに対応しており、ICカードをかざすだけで簡単に出退勤の打刻を行えます。

自治体ごとに異なる条例や給与規則に合わせて、システムを細かく設定できるのが魅力です。通常勤務の職員はもちろん、交替制勤務職員や会計年度任用職員なども一元管理できます。

勤怠管理だけでなく、各種申請や決裁もシステムで完結するため、紙やExcelによるアナログ管理から脱却したい自治体におすすめします。システムの運用に不安がある場合は、オプションで初期設定サポートを利用するのも有効です。

特徴	・行政や公務員の勤怠管理に特化・ICカードで簡単に打刻可能・異なる勤務形態の職員を一元管理
おすすめの自治体	・特殊な条例や給与規則を設定したい自治体・勤怠管理以外の業務もデジタル化したい自治体
料金体系	要問合せ ※アカウント数に応じた料金 ※初期設定サポートのオプション有り

TimePro-VG

出典：勤怠管理システムならアマノ「TimePro-VG」｜アマノ株式会社

TimePro-VGは、テレワークや変形労働など多様な働き方に対応できる勤怠管理システムです。

ICカード・顔認証・指静脈認証など多様な打刻方法を備えており、客観的な労働時間の記録を実現できます。マイナンバーカードによるタイムレコーダー打刻も可能で、自治体のデジタル化推進の取り組みとも連携しやすいのが特徴です。

また、残業時間や有給休暇取得状況はシステムが自動でチェックし、労務リスクを低減します。実績データを踏まえたアラートはもちろん、見込みデータをもとに予測計算を行えます。

タイムレコーダーのメーカーとして、多くの導入実績を誇るアマノのシステムなので、初めてでも安心して導入できるでしょう。

特徴	・マイナンバーカードを使った打刻に対応・自動アラート機能で労務リスクを低減
おすすめの自治体	・タイムレコーダーと組み合わせて、精度の高い打刻を実現したい自治体・初めて勤怠管理システムを導入する自治体
料金体系	要問合せ ※予算・要件に応じて3つのプランから選択可能